فعظم إعجاب الدارسين بالمنهج العلمي الذي درج عليه في تحقيق دلالات القرآن والإفصاح عن معانيه بصورة محكمة مبينة متينة الأسس واضحة المعالم بحيث يتتبع مطالعة ألفاظ القرآن: كلمة كلمة ، وآية آية ، فيجد من بيان الطبري ما يلقي على كل ما يمر به من ذلك أنواراً تحصل له المعاني ، وتبسط أمامه طرائق استفادتها وتوقفه على تفرع المسالك التي طرقها مستفيدوها من قبل وعلى ما يتسلط على ذلك من النقود والأحكام الفاصلة ، فكان التفسير على يده قد اصطبغ صبغة جديدة بحق ، لعلها هي التي سمحت له أن يختار ، للدلالة على صنيعه ، كلمة ما كان يختارها متعاطو التفسير من قبله وهي كلمة " التأويل ".فسمى تفسيره باسم " جامع البيان عن تأويل القرآن " والتزم كلمة التأويل في ترجمة كل فصل من فصوله من المقدمات الواسعة المبسوطة إلى كلامه في تأويل الاستعاذة ثم تأويل البسملة ، إلى فيوض بياناته على الآيات معنوناً كلاً منها على طريقة ملتزمة مطردة بقوله: "القول في تأويل قوله تعالى كذا".