وبعد تأصيل تلك القواعد المبدئية ، تناول سورة الفاتحة ، مبتدئاً بتفسير الاستعاذة والبسملة.ومتتبعاً السورة بالتحليل وتقليب الأوجه ، وبيان معاقد المعاني وطرق استنباطها ، حتى أخرج في تفسير سورة الفاتحة وحدها كتاباً جليلاً.
وبالانتهاء من هذا الكتاب المخصوص بسورة الفاتحة شرع في تأليف كتاب آخر في تفسير سورة البقرة ، على تلك الطريقة نفسها ، ثم اطرد ينتقل من سورة إلى سورة على ترتيب المصحف الشريف جاعلاً تفسير كل سورة كتاباً مستقلاً ، وسائراً في تفسير السور كلها على المنهج الذي وضعه في تفسير سورة الفاتحة ، وكأنه استغنى بالمقدمات التي مهد بها لتفسير سورة الفاتحة عن العود إلى بيان منهجه فكان يتناول كل سورة افتراعاً ، مبتدئاً ببيان الفوائد المستنبطة من أول كلام فيها.غير أنه في أثناء سورة الأعراف ، لما بين تفسير قوله تعالى:
{ ?????????? ??????????? ??????????? ????????????? ????????? ???????????? ???????????? ????????????? ????????????? ?????????????? }
(الأعراف : 54)